IMPRIMIR VOLTAR D. Ciências da Saúde - 5. Farmácia - 6. Farmácia MINERAÇÃO DE DADOS DE PROJETOS GENOMA REALIZADOS NO BRASIL PARA IDENTIFICAÇÃO DE REGIÕES REGULADORAS DA EXPRESSÃO GÊNICA Claudia Seiko Yokoyama 2 e Humberto Maciel França Madeira 1 1 - Mestrado Ciência da Saúde, Pontifícia Universidade Catolica do Paraná 2 - Pontifícia Universidade Catolica do Paraná, PONTIFÍCIA UNIVERSIDADE CATÓLICA DO PARANÁ - PUC-PR MINERAÇÃO DE DADOS DE PROJETOS GENOMA REALIZADOS NO BRASIL PARA IDENTIFICAÇÃO DE REGIÕES REGULADORAS DA EXPRESSÃO GÊNICA Humberto Maciel França Madeira – Orientador Claudia Seiko Yokoyama – Bolsista PIBIC - CNPq Gabriel Bertol Pinheiro, Ricardo Amaral Castanheira Lopes – Colaboradores Farmácia – CCBS Introdução: O mecanismo de expressão gênica de procariotos ainda necessita de melhor compreensão, e os dados sobre os mecanismos já identificados e relativamente mais bem estudados ainda não foram aplicados aos Projetos Genoma realizados no Brasil. Com o uso da bioinformática, lançando mão de bancos de dados e ferramentas de domínio público, é possível caracterizar o panorama da expressão gênica de bactérias cujos genomas já estão totalmente seqüenciados. Objetivos: Caracterizar os principais mecanismos de regulação de genes de bactérias seqüenciadas no Brasil, a partir de dados de seqüência de DNA, com uso da bioinformática (experimentos in silico). Método: Ferramentas específicas para localização de regiões regulatórias disponíveis na World Wide Web foram utilizadas. Ferramentas baseadas em métodos ab initio como RSA Tools foram utilizadas inicialmente, para a tabulação dos “motifs” regulatórios presentes nas bactérias Chromobacterium violaceum, Xanthomonas citri e Xylella fastidiosa, tanto na forma de oligos (oligonucleotídeos) como de díades espaçadas. A seguir, com uso de ferramentas de comparação de seqüência (BLAST) e base de dados de regiões regulatórias de Escherichia coli (RegulonDB), foi feita busca de regiões homólogas nas espécies bacterianas sob estudo. Resultados: A falta de dados experimentais de expressão de genes das espécies seqüenciadas no Brasil impediu o uso das ferramentas ab initio como o RSA Tools para identificação das regiões regulatórias por esse método, pela impossibilidade de se treinar o algoritmo. Assim, após a listagem da freqüência de ocorrência de oligos e díades espaçadas com potencial de serem regiões regulatórias nos genomas das bactérias de interesse, com uso do RSA Tools, regiões homólogas às regiões regulatórias dos genes da família CRP de E. coli foram identificadas e tabuladas, e disponibilizadas on line na página http://www.bionet.pucpr.br/dbreg.html. Dados de outras famílias serão disponibilizados, conforme forem sendo obtidos pelo método descrito. Conclusão: Com uso de uma associação de ferramentas disponíveis na World Wide Web foi possível a criação de uma base de dados de regiões regulatórias de genomas microbianos seqüenciados no Brasil, contribuindo para a compreensão dos mecanismos de expressão gênica. Trabalho de Iniciação Científica Palavras-chave:  EXPRESSÃO GÊNICA; GENOMA; MINERAÇÃO Anais da 57ª Reunião Anual da SBPC - Fortaleza, CE - Julho/2005