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C. Ciências Biológicas - 8. Genética - 6. Genética
COMPARAÇÕES DE PADRÕES DE REPETIÇÃO DE TRINCAS DE NUCLEOTÍDEOS EM GENOMAS DE DIFERENTES CONCENTRAÇÕES DE GC
Laurita dos Santos 1, Rogério José Panis Filho 1, Scheila de Ávila e Silva 3 e Günther Johannes Lewczuck Gerhardt 1,2
1- Departamento de Física e Química, Universidade de Caxias do Sul - UCS 2- Hospital das Clínicas de Porto Alegre - HCPA/RS 3- Ciência da Computação, Universidade do Vale do Rio dos Sinos - UNISINOS, UNIVERSIDADE DE CAXIAS DO SUL - UCS
No estudo foram selecionados 2 genomas de 2 organismos classificados no Reino Procaryotae sendo eles: Thermus thermophilus e Mycoplasma micoides com objetivo de compará-los segundo as regiões de periodicidades apresentadas em seus escalogramas de tripletes. Seus genomas possuem repetições de nucleotídeos (periodicidades), que para este estudo serão analisadas através de repetições tripletes, que fazem a contagem e a comparação direta de três nucleotídeos com seus três subseqüentes realizando uma analogia ao códon que na tradução corresponderá a um aminoácido (são portanto 64 combinações de tripletes). Para a compreensão das periodicidades que se refletem no DNA, é utilizada uma função de correlação, que procura por distâncias características freqüentes entre vários elementos da seqüência genômica. Para fornecer uma melhor resolução espacial, aplicamos aqui a Transformada de Wavelet (TW), que atribui uma resolução espacial cedendo parte da resolução da freqüência respeitando o princípio da incerteza de Heisenberg. Como resultado da decomposição espectral fornecida pela TW temos os escalogramas de degrade de cores, onde são observadas regiões (bolhas de periodicidades ou átomos de Heisenberg) com coloração do preto (bolhas com menor quantidade de repetições de tripletes) ao branco (bolhas com maior quantidades de repetições de tripletes). No eixo y de ambos escalogramas temos as periodicidades analisadas e no x os tripletes. Em ambos escalogramas é possível visualizar que ocorre a presença de bolhas de periodicidades em diferentes cores do degrade presente no escalograma; sendo as mais freqüentes azuis e verdes, representando regiões intermediárias de repetições de tripletes. As regiões com maior freqüência de tripletes repetidos se apresentam na cor vermelha e em torno da periodicidade 16. O fato do Thermus thermophilus ser termofílico e de possuir uma auto-organização diferenciada pode justificar a presença maior desses átomos do que no Mycoplasma micoides. Outra diferença entre os dois organismos relacionado também ao fato da termofilia, é que o Thermus thermophilus possui uma quantidade muito maior de nucleotídeos guanina (G) e citosina (C) que pode ser refletido nas repetições de tripletes.
Instituição de fomento: CNPq, FAPERGS
Trabalho de Iniciação Científica
Palavras-chave:  transformada de Wavelet; genomas com diferentes de GC; análise de tripletes

Anais da 57ª Reunião Anual da SBPC - Fortaleza, CE - Julho/2005