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| C. Ciências Biológicas - 1. Biofísica - 5. Biofísica | ||
| ANÁLISE INFORMACIONAL DE ENTERRAMENTOS ATÔMICO DE PROTEÍNAS GLOBULARES | ||
| Antonio Luiz Cruz Gomes 1, Júlia Rosa de Rezende 1, Antônio F. Pereira de Araújo 1 e Eugene I. Shaknovich 2 | ||
| (1. Universidade de Brasília, Dept. Biologia Celular; 2. Harvard University, Chemistry Dept.) | ||
| INTRODUÇÃO:
Nós fizemos uma análise informacional de enterramento atômico em proteínas globulares, estimado de suas distâncias relativas ao centro geométrico delas, de modo a investigar a possibilidade de prever valores preferenciais para o parâmetro da seqüência de aminoácidos. Predições suficientemente acuradas, na forma de potenciais estatísticos dependentes da seqüência, são esperadas para ser úteis em simulação de enovelamento de pequenas proteínas globulares. |
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| METODOLOGIA:
De um banco de proteínas disponível na Internet, preparado para maximizar o espaço conformacional e reduzir redundância, nós selecionamos 448 estruturas que pareciam razoavelmente globulares pela proporção de seu raio de giro pelo comprimento da seqüência. A entropia de informação de Shannon foi estimada da freqüência de blocos de comprimento variável em relação à seqüência de aminoácidos e de enterramento. |
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| RESULTADOS:
Para a seqüência de aminoácidos, a informação por letra encontrada foi praticamente independente do tamanho do bloco até um momento de saturação do banco de dados, sendo encontrado cerca de 4.17 bits para representações com 20 letras e 0.97 bits para 2 letras (resíduos hidrofóbicos e hidrofílicos). Para enterramento, entretanto, as entropias estimadas foram fortemente dependentes do tamanho do bloco, refletindo uma relação entre o enterramento entre resíduos próximos na seqüência. Para uma representação com 2 letras (exposto/enterrado), a entropia caiu de cerca de 1 para quase 0.6 bits, quando o tamanho do bloco aumenta de 1 para 15, antes da saturação do banco se tornar aparente. Esses resultados indicam que a quantidade de informação necessária para prever o enterramento dos átomos é compatível com a seqüência primária e as considerações de blocos de monômeros pela seqüência parecem ser importante para essa predição. . |
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| CONCLUSÕES:
Esses resultados indicam que a quantidade de informação necessária para prever o enterramento dos átomos é compatível com a seqüência primária e as considerações de blocos de monômeros pela seqüência parecem ser importante para essa predição. .A informação mútua ajuda a diminuir a incerteza do enterramento em relação ao tipo de resíduo diminui com o aumento do bloco, porém, a saturação de banco impede uma aproximação mais confiável. |
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| Palavras-chave: Teoria da informação; enovelamento de proteína; predição de enovelamento. | ||
| Anais da 57ª Reunião Anual da SBPC - Fortaleza, CE - Julho/2005 |