Os microssatélites ou SSR (Simple Seguence Repeats) consistem de seqüências com 1 a 4 nucleotídeos de comprimento, repetidas em tandem e distribuídas aleatoriamente nos genomas de procariotos e eucariotos. Dentre as técnicas de marcadores de DNA disponíveis, os microssatélites se destacam por apresentar vantagens, tais como codominância, multialelismo, reprodutibilidade e alto polimorfismo. A referência bibliográfica sobre a utilização de microssatélites em café é escassa e pouco informativa. As seqüências EST’s (Expressed Sequence Tags), do Projeto Genoma Café do CBP&DCafé contêm rica informação sobre microssatélites, cuja identificação é objeto deste trabalho.

Para a identificação dos microssatélites realizou-se a mineração dos dados de EST’s, utilizando-se o programa Gene Projects e seu aplicativo Pattern Search disponíveis na página do Genoma Café (www.lge.ibi.unicamp.br/cafe/). Foram utilizadas todas as combinações de di, tri e tetranucleotídeos formadores dos microssatélites, perfazendo um total de 46 combinações (quatro combinações de dinucleotídeos, 10 de trinucleotídeos e 32 de tetranucleotídeos). O número de unidades repetitivas dos microssatélites usado como critério na análise foi sete repetições de dinucleotídeos, cinco repetições de trinucleotídeos e três repetições de tetranucleotídeos.

Das seqüências ESTs disponíveis, 23.891 apresentaram microssatélites, demonstrando que o genoma do café possui grande quantidade de microssatélite na região transcrita. Destas, 4.399 apresentaram dinucleotídeos, ou seja, 18,42% das seqüências mineradas, 6.039 seqüências apresentaram trinucleotídeos, 25,28% e 13.453 seqüências apresentaram tetranucleotídeos, 56,31%. A classe de microssatélite mais abundante encontrada foi o dinucleotídeo (AG)n com 2.849 seqüências mineradas, seguida pelo tetranucleotídeo (AGGG)n com 2.746 seqüências mineradas. Dos trinucleotídeos, o mais abundante foi (AAG)n com 1.208 seqüências.