Através deste projeto que visava o desenvolvimento sustentável da região, pela primeira vez, as populações autóctones tiveram um certo nível de atenção, inclusive no tocante à saúde. A intervenção de organizações internacionais, como o Programa das Nações Unidas para o Desenvolvimento (PNUD), favoreceu a autonomia para a formação de recursos humanos indígenas, ainda que não fosse institucionalizado como política daquela época. “A partir de 1994, a FUNASA já era responsável pela vacina e pelas endemias, a parte preventiva. Era como se tivesse dividido o índio ao meio: metade era da FUNAI (área assistencial) e metade era da FUNASA (área preventiva) (...) A população indígena era atendida por um ministério que não era o da Saúde (era o Ministério da Justiça), isso pesou muito para o agravamento da saúde”. (Enfermeira contratada do PNUD entre os anos de 1995 e 1997). O depoimento demonstra o conflito entre órgãos governamentais pela disputa da saúde indígena na década de 90. Ainda sobre a fase de transição neste período, em relação à formação de Agentes Indígenas de Saúde. Atualmente, sob a tutela da FUNASA, vê-se que a saúde indígena está num processo de crescimento autônomo, investindo na formação de profissionais indígenas, conferindo aos índios poder de decisão, seja na participação em conselhos deliberativos, pondo em prática o controle social, seja na atuação dos AIS nas aldeias, para que estes possam, finalmente, assumir a saúde dos seus povos.

A descrição histórica dos fatos pertinentes à saúde indígena na época do PLANAFLORO demonstrou mudanças pontuais neste aspecto. As ações, de uma maneira geral, foram executadas como sendo fatos isolados que não ofereceram nenhum indício de sustentabilidade. Esta análise do projeto de desenvolvimento sustentável, enfocando a questão da saúde indígena, mostrou que as tentativas de desenvolver a região foram resumidas em uma palavra: fracasso. Os principais erros se encontram na falsa impressão que os não-índios têm, de que são superiores aos índios. O que prova a afirmação é o fato de que as intervenções no campo da saúde, além de serem unicamente assistencialistas, não investiram na formação de recursos humanos indígenas, sendo este papel executado apenas por Organizações não-governamentais. a falta de políticas governamentais que dessem suporte ao modelo AIS provou a total inoperância de outras modalidades de assistência, como o modelo EVS, por exemplo. No período em questão, disputas para garantir a tutela da saúde indígena demonstraram a vulnerabilidade e a fragilidade das populações indígenas em se deixarem submeter às ações das instituições. De fato, ainda há muito que se descobrir a esse respeito. Concluiu-se que as mudanças foram pontuais para a saúde e não houve continuidade das ações.