O aspecto primordial deste estudo é apontar para a gestão das águas do Sistema Aqüífero Guarani no âmbito do Mercosul, destacando sua estrutura institucional, legal e analisando as políticas públicas dos quatro paises onde o Aqüífero está contido, neste caso foram analisadas as políticas de longo prazo, as instituições e as legislações vigentes em todos os pais.

Sendo que este aparato legal é escasso e está sendo desenvolvido, é necessário entender como será possível compatibilizar os diversos interesses de todos os pais onde o Aqüífero está presente, como a busca de um uso compartilhado que evite os conflitos históricos acontecidos na região.  Outro aspecto deste estudo é o entendimento do Sistema Aqüífero Guarani, com sua dinâmica natural, como reserva estratégica de água para o futuro, procurando demonstrar o funcionamento do mesmo, suas áreas de recarga, descarga, o seu grau de confinamento e de interconexão com outros aqüíferos para melhorar o conhecimento do potencial de ameaças relacionadas com sistema, identificando também os atores institucionais, os usuários da água e os grupos sociais cujas suas atividades influenciam diretamente o Aqüífero Guarani, conhecer as instituições e as atividades que influenciam diretamente a qualidade do aqüífero são passos fundamentais para a formulação de projetos de prevenção, conscientização e para o estabelecimento de limites para seu uso.

A necessidade de altos investimentos levou os Governos dos países, no caso Argentina, Brasil, Paraguai e Uruguai a aceitarem o apoio oferecido pelo Global Environment Facility para que fosse preparado o Projeto de Proteção Ambiental e Desenvolvimento Sustentável do Sistema Aqüífero Guarani, com apoio concretizado por intermédio do Banco Mundial e da Organização dos Estados Americanos, a execução está prevista para terminar em março de 2007.

Esses resultados mostram que Argentina, Brasil, Paraguai e Uruguai estão elaborando e implementando uma proposta de modelo institucional, legal e técnico comum para a preservação e o gerenciamento do Sistema Aqüífero Guarani - SAG - para as gerações atuais e futuras.

Esse projeto é importante para o reconhecimento do Sistema Aqüífero Guarani como um valioso manancial transfronteiriço de água doce. A região carece de aparatos legais, institucionais, nacionais e transfronteiriços para as águas subterrâneas. O projeto é um grande passo para que se elabore esse arranjo jurídico e institucional conjuntos, formando assim, um modelo de gestão coordenada do Sistema Aqüífero Guarani, possibilitando medidas para proteger os recursos hídricos nacionais e transfronteiriços do Sistema. A estrutura institucional do Mercosul também deve ser lembrada para a gestão dessa reserva de água doce. Sem um modelo adequado de Gestão os países continuarão utilizando os recursos hídricos indiscriminadamente, o que pode gerar uma crise.

Nos prováveis usos do Sistema Aqüífero Guarani, deve ser privilegiado o abastecimento público, a gestão do sistema deve ser pensada de modo a suprir as necessidades da população que vive em áreas com problemas na captação das águas superficiais, ou em áreas onde os aqüíferos superiores estão com a sua qualidade comprometida. A gestão integrada entre as águas superficiais e as águas subterrâneas é a mais indicada, o ideal seria se as cidades mantivessem um sistema capaz de utilizar as águas superficiais ao longo dos períodos de chuvas (nos meses de verão), e nos meses secos (de inverno) utilizar a água subterrânea, esse sistema garantiria a manutenção das reservas aqüíferas e supriria as necessidades para o abastecimento público. 

            A utilização das águas do aqüífero para fins menos nobres como energia geotermal e secagem de grãos deve ser encarado com ressalva, utilizar água potável de boa qualidade para processos industriais não deve ser uma prioridade na gestão do SAG. Em um cenário de escassez dos recursos hídricos, com estiagens cada vez mais prolongadas, proteger e ter a disposição água de boa qualidade é fundamental e estratégico.

Hoje o Aqüífero se encontra em um cenário de abundância de água em geral, porem existe um aumento gradual no uso da água, existem também problemas quantitativos por concentração de usos e problemas de contaminação local ambos em áreas transfronteiriças e nacionais e existe também uma possível contaminação difusa em áreas de recarga.