A utilização de marcadores moleculares possibilita o conhecimento da distribuição da variabilidade genética de uma espécie. Um marcador molecular pode ser definido como qualquer fenótipo molecular de um polimorfismo específico na sequência de DNA. Diversas tecnologias para a detecção de marcadores moleculares têm sido desenvolvidas nos últimos anos. Os marcadores ISSR (Inter Simple Sequence Repeats), que amplificam uma seqüência de DNA delimitada por duas regiões microssatélites invertidas, são abundantes ao longo do genoma de eucariotos, sendo intensamente utilizados em estudos genético-populacional. Este marcador é utilizado, principalmente, na caracterização de níveis e organização de variabilidade genética dentro e entre espécies afins, subpopulações e grupos de reprodução e progênies. Considerando-se o exposto, o objetivo desse trabalho foi selecionar primers de ISSR que amplifiquem regiões entre blocos microssatélites em indivíduos de subpopulações de espécies do gênero Aniba (destacam-se pelo alto valor econômico, devido à constituição do óleo essencial), e ainda, aperfeiçoar as condições de amplificação dos mesmos, para que sejam utilizados na avaliação das relações genéticas.

Para realização do estudo foi extraído o DNA de indivíduos Aniba paviflora, Aniba rosaeodora, Aniba canelila utilizando o protocolo proposto por Doyle&Doyle, com algumas modificações. Após a extração as amostras foram submetidas à eletroforese em géis de agarose a 1% para quantificação e análise da integridade das amostras de DNA. Foram utilizados três indivíduos de cada espécie para realização seleção dos primers e a otimização da temperatura de anelamento.  Foram testados 28 primers  (seqüência descrita na literatura) de ISSR. Cada primer foi utilizado na amplificação das regiões ISSR, via PCR, com a sua temperatura de anelamento específica variando de 46° a 56°C. O produto do PCR foi submetido à uma corrida de eletroforese em gel de agarose 1,5%, a 100V por 4h. Em seguida o gel foi visualizado em um transiluminador e fotodocumentado. As imagens foram analisadas e a codificação dos locos foi feita pela presença e ausência dos fragmentos amplificados, gerando uma matriz de dados binários, que permite a análise da repetibilidade por loco e por primer.  A escolha dos locos foi feita a partir das bandas mais nítidas que não fossem maiores que 2.000 bp (pares de bases) nem inferiores a 300 bp.

A melhor temperatura para o anelamento dos primers foi a 56°C para todas as espécies. Com base no padrão de amplificação das amostras, quatro primers foram selecionados: ISSR 9 (AC AC AC AC AC AC AC AC-CG), ISSR12 (GACAC GACAC GACAC GACAC), ISSR 15 (CA CA CA CA CA CA CA CA -AG), ISSR 32 (GA GA GA GA GA GA GA GA -ATC). A seleção foi realizada por meio de avaliações visuais dos padrões de bandas quanto à intensidade e reprodutibilidade. Entre os quatro primers selecionados o primer ISSR 9 apresentou maior número de marcas polimórficas em Aniba canelila (22 marcas), Aniba fragrans (25 marcas), Aniba rosaeodora (28 marca).

Os quatro primers selecionados serão importantes em estudos futuros acerca da diversidade genética, seleção e conservação de germoplasma em espécies de Aniba, bem como na seleção assistida visando o melhoramento genético dessas espécies.  Assim, torna-se indispensável o estudo da variabilidade destas espécies para evitar a seleção direcional, o incremento da endogamia e o processo de deriva genética.