Pygocentrus nattereri, considerada a mais perigosa e agressiva espécie de piranha, é popularmente conhecida como piranha vermelha ou piranha caju. Apresenta características biológicas e demográficas que indicam estratégias eficientes para a vida em lagos de várzea, sendo um dos principais predadores desses lagos. É a espécie mais abundante na várzea do rio Solimões/Amazonas, sendo típica de ambientes lênticos. Possui hábito alimentar piscívoro com importante função ecológica no controle das populações de outros peixes. A espécie possui alto valor comercial e constitui importante recurso pesqueiro que tem sido constantemente explorado, tanto na pesca artesanal quanto comercial. Apesar de sua importante função ecológica, a espécie P. nattereri tem sido foco de poucos estudos, particularmente sobre a estrutura genética de suas populações naturais. O presente trabalho tem como objetivo investigar a variabilidade genética da piranha vermelha na Amazônia brasileira.

Foram desenvolvidos marcadores moleculares microssatélites para a espécie P. nattereri, por meio de uma biblioteca genômica enriquecida com sequencias CT e GT. O DNA total foi extraído a partir do tecido muscular utilizando o protocolo descrito por Sambrook et al. (1989) com algumas modificações. Os fragmentos de interesse foram selecionados, inseridos em bactérias competentes e depois sequenciados em sequenciador ABI 3130, utilizando os primers SP6 e T7. As sequências foram editadas e clusterizadas utilizando os programas EditSeq e SeqMan do pacote Laser Gene vs.5.03 (DNASTAR Inc). Para encontrar as regiões com microssatélites, foi utilizado o programa SSRIT-Gramene e,  em seguida, os primers foram desenhados utilizando o programa Primer Select (DNASTAR Inc.).

A partir do sequenciamento de 96 clones, foi possível desenhar 23 pares de primers dos quais 61% eram simples e 39% compostos. Desse total, 74% eram dinucleotídeos, 13% trinucleotídeos e 13% tetranucleotídeos, sendo 74% perfeitos e 26% imperfeitos.