Em situações como o derramamento de petróleo/derivados e poluentes xenobióticos, o conhecimento sobre os microrganismos nativos em locais de risco favorece a aplicação de biotecnologias para biorremediação. Estratégias independentes de cultivo, metagenômica, contribuem para aprofundar o conhecimento microbiológico, possibilitando estudos com organismos não cultiváveis, assim a metagenômica analisada por PCR-DGGE abre uma importante abordagem metodológica para estudos de microbiologia aplicada. Estudos metagenômicos associados às atividades da indústria petrolífera fornecem dados e informações que visam contribuir com o conhecimento acerca do "status microbiológico nativo" e seu potencial papel na biodegradação de, por exemplo, Hidrocarbonetos Aromáticos Policíclicos (HAPs) em ambientes de risco de contaminação. Considerando o bioma de mangue uma interface frágil e crítica de fronteira com oceano, este trabalho caracteriza a microbiota nativa de mangue com potencial biodegradador de HAPs utilizando um biomarcador molecular para detecção e análise da diversidade bacteriana em áreas sob influência de indústrias petrolíferas através de PCR-DGGE na Bacia Petrolífera Potiguar (BPP).

Amostras de sedimento do mangue foram coletadas em Areia Branca/RN, Fortim/CE e Paracuru/CE.  Areia Branca e Paracuru são locais de intensa atividade da indústria do petróleo. Fortim é um lugar turístico, que é vulnerável à contaminação do óleo. As amostras ambientais foram divididas em dois grupos: os contaminados com 3% de petróleo e amostras sem contaminação. Estas amostras foram mantidas em microcosmos, e o DNA metagenômico foi periodicamente extraído com intervalos de dias progressivos: 0, 3, 7, 14, 28, 60, 63, 67, 74, 88, e 120 dias. Os primers para o gene pcaF foram escolhidos utilizando as ferramentas de bioinformática do NCBI e edição manual. Os amplicons foram separados utilizando a técnica de PCR e PCR-DGGE como descrito na literatura. Os fingerprints obtidos foram analisados com o auxílio do software LabImage 1D 2006 Professional.

A bioprospecção utilizando o gene pcaF como biomarcador molecular em amostras de DNA metagenômico de manguezais, mostra a ocorrência de procariotos degradadores de HAPs na BPP. Os resultados mostram que estes microorganismos estão presentes nas três localidades. Em ~64% das amostras revelam a presença destes microorganismos. Os fingerprints obtidos com PCR-DGGE de amostras de Paracuru, Areia Branca e Fortim exibem flutuações das comunidades microbianas de acordo com os períodos de amostragem. A interferência da indústria do petróleo, em Areia Branca e Paracuru devem ser determinantes para a diversidade microbiana. Fortim não tem influência direta das instalações de petróleo e parece conter uma maior biodiversidade na microbiota nativa, diferindo dos outros dois locais, onde os resultados mostram a ocorrência de determinadas populações de bactérias adaptadas/tolerantes ou biodegradadores de HAPs presentes no petróleo contaminante.

Este trabalho é pioneiro nos estudos sobre as comunidades bacterianas envolvidas na degradação de HAPs nos sedimentos estuarinos da BPP através de um biomarcador molecular específico. É de grande importância a ocorrência de microorganismos com potencial para biodegradação de HAPs nesses ambientes principalmente por serem locais com risco de contaminação por petróleo. A flutuação sazonal das comunidades microbianas degradadoras de HAPs sugere que estes microrganismos são capazes de sobreviver na presença de derivados/poluentes de petróleo e potencialmente podem participar na restauração ambiental removendo ou minimizando o impacto ambiental gerado por estes compostos. A biodiversidade microbiana nativa de manguezais é abundante, e sendo revelada, utilizando biomarcadores específicos para HAPs podem ser estratégicos para a explotação sustentável dos recursos energéticos na fronteira do oceano Atlântico na BPP.