Estudos de diversidade genética são cruciais ao início de qualquer programa de melhoramento genético, animal ou vegetal. Grande parte dos estudos de diversidade baseiam-se em uma amostra aleatória de locos obtida em populações não estruturadas hierarquicamente. Assim, a análise interpopulacional, a partir de dados codominantes se dá por intermédio de medidas de distância, classificadas como geométricas, genéticas e genotípicas. As geométricas não invocam qualquer pressuposição genética ou evolutiva. Ao contrário, nas distâncias genéticas modelos genético-evolutivos estão contextualizados. Sob uma filosofia admite-se que a população ancestral e as populações derivadas, encontram-se em equilíbrio entre mutação e deriva genética e servem como estimadores do tempo de divergência. Em outra linha encontram-se as distâncias genéticas de coancestralidade, cuja flutuação nas freqüências alélicas é atribuída exclusivamente à deriva genética. Dentro deste contexto, objetivou-se no presente trabalho comparar o agrupamento de populações simuladas de sistemas controlados (de melhoramento), a partir de diferentes medidas de distância, baseado em informações de marcadores codominantes.

Grupos formados pelo UPGMA a partir de diferentes distâncias foram semelhantes. As projeções bidimensionais das populações foi semelhante para a distância Nei 83 (D_N83), Euclidiana média (D_E), Roger (D_R), Rogers modificada (D_GS), mínima (D_m), Reynolds (D_RWC), complemento do cosseno (D_COS), comprimento da corda (D_CC) e Nei 72 (D_N72). A projeção com a distância genotípica de Hedrick (D_H) permitiu melhor discernimento entre as populações base, de autofecundação e gerações de acasalamento ao acaso. Se populações com a mesma freqüência gênica possuem diferentes coeficientes de endogamia, então comparações em nível genotípico podem fornecer informação adicional. As distâncias geométricas D_E, D_R, D_GS, D_COS e D_CC apresentaram-se mais eficientes na projeção 2D e com maiores valores de correlação entre distância original e gráfica. Todas as correlações entre as diferentes medidas de distância foram bastante elevadas e significativas. As distâncias genéticas D_m, D_N72, D_L72, D_L73, D_N83, D'_RWC e D_H, baseadas em modelos evolutivos proporcionaram projeção menos eficiente, provavelmente porque as populações simuladas não foram submetidas a efeitos sistemáticos de seleção, fluxo gênico e mutação. Ademais seus tamanhos amostrais (= 200) tornaram os efeitos da deriva genética pouco expressivos.

Medidas de distância genética, geométrica e genotípica, na ausência de forças evolutivas, foram em geral, eficientes e concordantes no estudo simulado da diversidade de populações de sistemas controlados (de melhoramento). Medidas geométricas foram mais eficientes à projeção gráfica.