Os estuários estão entre os ambientes mais importantes da zona costeira. Estes ecossistemas são áreas de transição ou ecótonos entre a terra e o mar, onde a água doce provinda da drenagem terrestre mistura-se com a água marinha, criando umas das áreas mais produtivas sobre a Terra. Nestes ambientes, o zooplâncton - grupo no qual podem ser reconhecidos organismos pertencentes à grande maioria dos filos do reino animal - tem papel fundamental na dinâmica do ecossistema, já que ocupa uma posição chave na cadeia alimentar pelágica, especialmente na ciclagem de nutrientes e no fluxo de energia. Este grupo de organismos participa na transferência da energia provinda da produção orgânica das algas unicelulares para níveis tróficos mais altos, tais como estoques de peixes pelágicos explorados pelo homem. O estudo da composição das comunidades zooplanctônicas estuarinas é uma importante ferramenta para uma compreensão dos ecossistemas costeiros. Tal conhecimento aliado a estudos da variabilidade destas comunidades e suas preferências ambientais pode ajudar a prever os efeitos de possíveis mudanças no meio, induzidas, ou não, pelo homem.

A pesquisa foi realizada no intuito de descrever a comunidade zooplanctônica do estuário do rio Caravelas. A área de estudo encontra-se numa planície costeira no extremo sul do Estado da Bahia e abriga uma grande biodiversidade. Acredita-se que este estuário desempenha um importante papel para o Parque Nacional Marinho dos Abrolhos, que se encontra a cerca de 50 km de distância. As coletas foram realizadas em um ponto fixo próximo à desembocadura do estuário, com amostras obtidas nas marés de quadratura e sizígia durante os períodos seco (agosto/2007) e chuvoso (janeiro/2008). As amostragens foram feitas durante 13 horas, em intervalos de 1 hora e em 3 níveis de profundidade: superfície, meio e fundo. O zooplâncton foi coletado com auxílio de bomba de sucção (300L), filtrado em redes de plâncton (200μm) e fixado em solução salina de formol a 4%. O material coletado foi subamostrado, processado no equipamento ZooScan e identificado com auxílio do software ZooProcess. Após identificação automática todos os organismos passaram por uma correção visual com o intuito de corrigir eventuais erros de identificação produzidos pelo software. 

As 168 amostras obtidas após serem processadas no ZooProcess geraram um total de 458.997 imagens individuais dos organismos, também chamadas de vinhetas. Foram identificados 8 táxons automaticamente, com mais 16 classificados de forma semi-automática, criados posteriormente de forma manual. Entre as campanhas seca e chuvosa os táxons Brachyura, Chaetognatha, além dos copépodes Temora spp., Oithona spp., Euterpina acutifrons e o grupo de outros Calanoida, apresentaram maiores freqüências de ocorrência. Os táxons Brachyura e Calanoida outros foram os grupos com maiores abundâncias relativas, nas marés de quadratura e sizígia das estações seca e chuvosa. O táxon Oithona spp. mostrou incremento da  abundância relativa durante a campanha seca, principalmente durante a maré de sizígia. Quanto às fases de maré enchente e vazante, as maiores abundâncias relativas do táxon Brachyura ocorreram durante as marés vazantes, com os maiores picos durante a estação chuvosa. Já as maiores abundâncias relativas do táxon Calanoida outros ocorreram durante as marés enchentes, com os maiores picos também durante a estação chuvosa. Enquanto E. acutifrons e Oithona spp., nas marés enchente e vazante, respectivamente, da campanha seca.

O presente trabalho representa dados pioneiros sobre a composição da comunidade zooplanctônica da região do estuário do rio Caravelas. Os copépodes mais abundantes foram: Calanoida outros, Oithona spp., Temora spp. e E. acutifrons, provavelmente espécies-chaves do ecossistema estuarino de Caravelas, juntamente com os grupo Chaetognatha e Brachyura. O equipamento ZooScan mostrou-se uma ferramenta útil na análise semi-automática de amostras estuarinas, possibilitando a formação de um banco de dados digital de todo material coletado. Apesar de seu nível de refinamento taxonômico limitado, o uso do ZooScan pode permitir a identificação até o nível de espécie e gênero, como verificado no presente trabalho para alguns táxons do grupo Copepoda.